Nel Cao de Agua Portoghese è stata identificata una variante genetica nel gene DNAJC21 che causa microftalmia con difetti nel sistema ematopoietico (difetti ematopoietici). I cani affetti mostrano una riduzione unilaterale o bilaterale degli occhi a meno del 50 % delle dimensioni normali. Inoltre, in alcuni cani si possono osservare altri difetti oculari come cataratta, distrofia corneale, riduzione o assenza del cristallino (microfachia/afachia), glaucoma, lesioni retiniche e membrane pupillari persistenti. Inoltre, possono verificarsi cambiamenti nello smalto dei denti, ritardi nella crescita e disturbi nella formazione delle cellule del sangue, come un numero ridotto di piastrine (trombocitopenia) e di globuli rossi (anemia). Con l’avanzare dell’età, la conta dei globuli rossi e l’ematocrito possono migliorare, mentre la conta delle piastrine rimane bassa.