Geneettinen monimuotoisuus – koira
LABOGEN DIVERSITY CHECK
Sukusiittoisuuden välttäminen on vastuullisen koiranjalostuksen kannalta tärkeää. Geneettinen monimuotoisuus kuvastaa populaation tai rodun sukusiittoisuusastetta. Jos sukusiittoisuutta vältetään usean sukupolven ajan, on geneettinen monimuotoisuus korkea. Sukusiittoisuuden riski on erityisen suuri sukutaulukoiria jalostettaessa, mikä johtuu mm. suljetuista kantakirjoista ja suosittujen urosten liiallisesta käytöstä. Sukusiittoisuus johtaa geneettisen monimuotoisuuden vähenemiseen, sukusiitosdepressioon sekä haitallisten ja patogeenisten geenivarianttien leviämiseen.
Terveydelliset vaikutukset, kuten immuniteetin heikkeneminen tai alhainen lisääntymiskyky, voivat olla sukusiitosdepression merkkejä.
LABOGEN Diversity Check kertoo, millainen geneettinen suhde koirasi rodun eläimillä on keskenään. Sen avulla voi valita jalostukseen geneettisesti toisistaan kauempana olevia eläimiä. Roduilla, joiden geneettinen monimuotoisuus on hyvin alhainen, sukusiittoisuutta voi esiintyä myös sellaisten eläinten keskuudessa, jotka eivät ole sukua keskenään. LABOGEN Diversity Check auttaa valitsemaan sopivia jalostuskumppaneita sukusiittoisuuden välttämiseksi.
Lisäksi se näyttää viimeisimmän tiedon heterotsygoottisuuden jakautumisesta rotu- tai kasvatusseurapopulaatiossa. Sen avulla voit omalta osaltasi edistää oman koirasi verrannaispopulaation terveyttä.
Heterotsygoottisuusarvo ilmaisee, kuinka vaihtelevia koiran geenit ovat. Geenit peritään puoliksi emolta ja isältä, joten mitä kaukaisempaa geneettistä sukua vanhemmat ovat, sitä heterotsygoottisempi eli eriperintäisempi jälkeläinen voi olla.
LABOGEN Diversity Check tukee sinua geneettisen monimuotoisuuden ylläpitämisessä ja lisäämisessä, sekä edistää uusien sukupolvien terveyttä kestävällä tavalla. Tilaamalla LABOKLININ Premium SNP DNA-tunnisteen saat ilmaisen pääsyn koirasi LABOGEN Diversity Check -tietoihin.
UKK
Geneettinen monimuotoisuus heijastaa rodun sukusiittoisuusastetta. Mitä alhaisempi geneettinen monimuotoisuus on, sitä läheisempää sukua rodun eläimet ovat keskenään geneettisesti. Suljetut kantakirjat ja pienet siitospopulaatiot lisäävät sukusiittoisuuden ja alhaisen geneettisen monimuotoisuuden riskiä. Sen negatiivisia vaikutuksia ovat esimerkiksi sukusiitosdepressio sekä haitallisten ja patogeenisten geenivarianttien leviäminen. Geneettisen monimuotoisuuden ylläpito ja lisääminen turvaavat tulevien sukupolvien pitkän aikavälin terveyden.
Geneettistä monimuotoisuutta tutkitaan yhden emäksen monimuotoisuuden (SNP) avulla. Vertaamme koiran geneettistä sormenjälkeä, eli 230 SNP:tä (Premium SNP DNA-tunniste) satoihin muihin SNP:hin ja laskemme, kuinka samanlaisia rodun tai seuran eläimet ovat geneettisesti. Geneettinen etäisyys ilmaistaan graafisesti käyttämällä PCoA:ta (Principal Coordinate Analysis).
Graafi ilmaisee oman eläimesi (punainen neliö) geneettisen suhteen muihin rotunsa tai seuransa eläimiin (pisteet) kuvana. Jokainen piste vastaa yhtä koiraa, ja mitä lähempänä pisteet toisiaan ovat, sitä lähempänä ne ovat toisiaan myös geneettisesti. Mitä useampia eläimiä graafi sisältää, sitä hyödyllisempi se on. Jos omistajat ovat antaneet siihen luvan, voi yksittäisistä kohteista nähdä niitä napsauttamalla eläimen nimen, rodun, sukupuolen ja syntymäajan. Siten myös mahdollisia jalostuskumppaneita on helpompi löytää. Jos harkitset jo tiettyjä eläimiä jalostukseen, LABOGEN Diversity Check voi näyttää, kuinka läheinen niiden geneettinen suhde omaan eläimeesi on. Voit myös olla yhteydessä muihin omistajiin sähköpostitse ja löytää esimerkiksi oman eläimesi pentuja tai muita sukulaisia ja järjestää tapaamisen.
Heterotsygoottinen tarkoittaa eriperintäistä, joten kaavio kertoo kuinka suuren prosenttiosuuden koira on saanut erilaisia geenimuotoja emolta ja isältä. Nykytiedon perusteella eläimet, joilla on korkea heterotsygoottisuus, ovat vähemmän alttiita sukusiitoksen negatiivisille vaikutuksille kuin eläimet, joilla on alhainen heterotsygoottisuus. Heterotsygoottisyys lasketaan koiran geneettisen sormenjäljen (Premium SNP DNA-tunniste) ja satojen muiden geneettisten ominaisuuksien perusteella. Koira on merkitty kaavioon ristillä ja mustalla viivalla. Kun rodusta on käytettävissä riittävän suuri referenssipopulaatio, näytetään koko populaation geneettinen vaihtelevuus oranssina alueena. Rotukohtainen keskiarvo on merkitty harmaalla katkoviivalla. Pienet populaatiokoot ja sukusiitos voivat heikentää rodun heterotsygoottisuutta. Eläimet, jotka sijoittuvat rotukohtaisessa vertailussa korkean heterotsygoottisuuden alueelle, voivat siksi olla apuna geneettisen monimuotoisuuden ylläpitämisessä jalostuksessa. Heterotsygoottisuus ei kuitenkaan anna tietoa yksittäisistä genettisistä ominaisuuksista, kuten perinnöllisistä sairauksista tai ulkonäöstä (esim. turkin väristä). Geneettisen monimuotoisuuden ylläpito voi olla yksi osa vastuullista koiranjalostusta, mutta se ei yksin riitä.
Käytämme laskemiseen useita satoja yhden nukleotidin polymorfismeja (SNP), mukaan lukien DNA-tunnisteen sisältämät 230 SNP:tä (Premium SNP DNA-tunniste). Jokainen SNP tarkistetaan, jotta nähdään, onko se homotsygoottinen vai heterotsygoottinen. SNP on homotsygoottinen, jos koira on perinyt sille saman nukleotidin sekä emolta että isältä ja heterotsygoottinen, jos koira on perinyt emolta ja isältä sille erilaiset ominaisuudet. Laskemme siis, kuinka suuri osa kaikista SNP:istä on heterotsygoottisia. Heterotsygoottisuusarvo ilmaistaan prosentteina.
Saman rodun eri koirien heterotsygoottisuusarvoja voi vertailla. Vertailun voi kuitenkin tehdä vain LABOKLININ Premium SNP DNA-tunnisteen avulla. Nykytiedon perusteella eläimet, joilla on korkea heterotsygoottisuus, ovat vähemmän alttiita sukusiitoksen negatiivisille vaikutuksille kuin eläimet, joilla on alhainen heterotsygoottisuus. Heterotsygoottisuuden merkitystä jalostuksessa ei kuitenkaan pidä yliarvioida ja jalostuspäätökset tulee tehdä ensisijaisesti rotuun liittyvien perinnöllisten sairauksien perusteella. Sen lisäksi on järkevää tehdä jalostuspäätös geneettistä monimuotoisuutta edistäen.
Kaavion alla olevat numerot kertovat, mille prosenttiosuudelle eläimesi heterotsygoottisuus asettuu. Skaala ulottuu välille 0 - 60 %, vaikka teoriassa jopa 100 % on mahdollinen arvo. Kaikki 60 %: ylittävät arvot ovat kuitenkin epätodennäköisiä. Eläimen heterotsygoottisuus näkyy myös numerona oikean yläkulman laatikossa, jossa myös 60 % ylittävät arvot näkyvät.
Premium SNP DNA-tunnisteen (ISAG 2020) tilaamisen yhteydessä saat yhden ilmaiskoodin, jonka avulla näet LABOGEN Diversity Check -tulokset osoitteessa diversity.labogen.com. Kirjaudu ensin sivustolle LABOGEN-verkkokaupan kirjautumistiedoilla (shop.labogen.com). Jos et vielä ole luonut tiliä Labobolinin palveluihin, voit tehdä niin osoitteessa shop.labogen.com/account. Kirjautumisen jälkeen voit syöttää aktivointikoodin LABOGEN Diversity Check -palveluun.
LABOKLIN tarjoaa myös mahdollisuuden kasvatusseurakohtaiseen analyysiin, jolloin graafi näyttää oman seuran eläimien heterotsygoottisuuden. Jos oma seurasi on kiinnostunut seurakohtaisesta analyysistä, ota meihin yhteyttä palvelun perustamista varten (labogen.com/contacts).
LABOKLIN tarjoaa omassa tietokannassaan myös mahdollisuuden kasvattajaseurakohtaiseen tietojen varastointiin ja analysointiin. Kasvattajaseuran tili Diversity Check -palvelussa sisältää automaattisesti kaikki seuraan kuuluvat eläimet ja mahdollistaa niiden heterotsygoottisuuden ja geneettisen monimuotoisuuden tarkastelun pitkällä aikavälillä. Kiinnostuneet kasvattajaseurat ovat tervetulleita ottamaan meihin yhteyttä milloin tahansa palvelun perustamiseksi.
Tilatessasi koirallesi LABOKLININ Premium SNP DNA-tunnisteen laskemme heterotsygoottisuuden veloituksetta ja koirasi otetaan mukaan geneettisen monimuotoisuuden yleisanalyysiin. Voit katsoa tulokset LABOGEN Diversity Check -palvelussa.
Premiun DNA-tunnistetta varten suosittelemme EDTA-verinäytteen lähettämistä. Näytteenottoon voidaan käyttää myös erikoisposkisoluharjaa (eNAT). Poskisolunäytteissä on kuitenkin pienempi määrä DNA:ta, minkä vuoksi testin suorittaminen on vaikeampaa ja testi voi joskus epäonnistua.
Testin käsittelyaika on yleensä 14-21 työpäivää.
